Контекст
Последние исследования с профилированием экспрессии мРНК целого генома показали, что рак мочевого пузыря можно группировать по молекулярным подтипам, некоторые из которых имеют общие клинические свойства и паттерны экспрессии генов с внутренними подтипами рака молочной железы и молекулярными подтипами других солидных опухолей. Молекулярные подтипы других солидных опухолей обогащены специфическими мутациями и аберрациями количества копий, которые, как считается, лежат в основе их характерных паттернов прогрессии, биологических и клинических свойств.
Цель
Доступность цельных геномных данных из Атласа ракового генома (The Cancer Genome Atlas, TCGA) и других крупных проектов сделала возможным определение корреляции между наличием альтераций ДНК и принадлежностью опухоли к определённому молекулярному подтипу. Нашей общей целью было определение того, обогащены ли конкретные мутации ДНК и/или вариации количества копий при конкретных молекулярных подтипах.
Доказательная база
Мы использовали полный набор данных RNA-seq из TCGA и три разных опубликованных классификатора, разработанных нашими группами для определения молекулярных подтипов рака мочевого пузыря из TCGA, и изучили встречаемость самых частых альтераций ДНК внутри них. Мы интерпретировали результаты, основываясь на том, что известно о встречаемости этих альтераций при мышечно-неинвазивном и мышечно-инвазивном раке мочевого пузыря из опубликованной литературы.
Синтез материала
Результаты подтвердили, что альтерации RB1 и NFE2L2 обогащены при базальном раке, тогда как альтерации FGFR3 и KDM6A обогащены при люминальном раке.
Заключение
Эти результаты дополнительно подтверждают заключение о том, что молекулярные подтипы рака мочевого пузыря являются разными формами заболевания, характеризующимися специфичными генетическими альтерациями.
Ключевые слова: молекулярные подтипы, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, альтерации ДНК.
Genetic Alterations in the Molecular Subtypes of Bladder Cancer: Illustration in the Cancer Genome Atlas Dataset
By: Woonyoung Choi, Andrea Ochoa, David J. McConkey, Mattias Aine, Mattias Höglund, William Y. Kim, Francisco X. Real, Anne E. Kiltie, Ian Milsom, Lars Dyrskjøt, Seth P. Lerner
European Urology, Volume 72 Issue 3, September 2017, Pages 354–365
Keywords: Molecular subtypes, Muscle-invasive bladder cancer, DNA alterations
Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич
Комментарии