Систематическая идентификация микроРНК, влияющих на пролиферацию клеток рака простаты и демонстрирующих изменённую экспрессию в опухолевой ткани

15.04.2017
1161
0

Актуальность

Систематический подход к функциональной идентификации ключевых элементов в микроРНК (миРНК)-каскадах, регулирующих пролиферацию рака предстательной железы (РПЖ), всё ещё отсутствует.

Цель исследования

Всесторонне картировать миРНК-регуляцию генов, имеющих отношение к пролиферации РПЖ, через фенотипический скрининг и данные опухолевой экспрессии.

Дизайн, условия и участники исследования

Скрининг по проявлению функции среди 1129 молекул миРНК был выполнен на пяти клеточных линиях РПЖ с определением пролиферации, жизнеспособности и апоптоза. Эти результаты были интегрированы с изменениями экспрессии миРНК в двух когортах РПЖ человека (всего 188 опухолей). Для отобранных миРНК были собраны и проанализированы предполагаемые мишени с помощью анализа обогащения набора генов, а также изучена их взаимосвязь с выживаемостью без биохимического рецидивирования.

Определение результатов и статистический анализ

Ранговый статистический анализ продуктов экспрессии был выполнен для оценки влияния миРНК в фенотипическом скрининге и для различий экспрессии в когортах опухолей простаты. Данные об экспрессии были проанализированы с помощью метода анализа значимости микрочипов (SAM), а данные пациентов были статистически обработаны с помощью метода Каплана-Мейера.

Результаты и ограничения

Функциональный скрининг идентифицировал 25 миРНК, повышающих жизнеспособность клеток, и 48 миРНК, снижающих её. Интегрирование данных привело к выделению 14 миРНК с аберрантной экспрессией и влиянием на пролиферацию. Предполагается, что эти миРНК регулируют более 3700 генов, 28 из которых были up-регулированы и 127 down-регулированы в РПЖ по сравнению с доброкачественной тканью. Семь генов, FLNC, MSRB3, PARVA, PCDH7, PRNP, RAB34 и SORBS1, демонстрировали обратную взаимосвязь со своей предполагаемой миРНК, и, как оказалось, имели значительную корреляцию с выживаемостью без биохимического рецидивирования у пациентов с РПЖ.

Заключение

Систематический подход с in vitro скринингом, комбинированным с in vivo анализом экспрессии и обогащения набора генов, представил собой достоверный способ открытия новых связей между миРНК и их мишенями, возможно являющихся ведущими в онкогенных процессах при РПЖ.

Ключевые слова: высокомощный функциональный скрининг, микроРНК, рак простаты, обращенно-фазовый белковый анализ.

Systematic Identification of MicroRNAs That Impact on Proliferation of Prostate Cancer Cells and Display Changed Expression in Tumor Tissue

By: Anna Aakula, Pekka Kohonen, Suvi-Katri Leivonen, Rami Mäkelä, Petteri Hintsanen, John Patrick Mpindi, Elena Martens-Uzunova, Tero Aittokallio, Guido Jenster, Merja Perälä, Olli Kallioniemi and Päivi Östling

  • a Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), University of Helsinki, Helsinki, Finland
  • b VTT Technical Research Centre of Finland, Medical Biotechnology, Turku, Finland1
  • c Turku Centre for Biotechnology, University of Turku, Turku, Finland1
  • d Institute of Environmental Medicine, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden
  • e Genome-Scale Biology Research Program, University of Helsinki, Helsinki, Finland
  • f Misvik Biology Corporation, Turku, Finland
  • g Department of Urology, Erasmus MC, Rotterdam, The Netherlands
  • h Natural Resources Institute Finland (Luke), Helsinki, Finland

European Urology, Volume 69 Issue 6, June 2016, Pages 1120-1128

Keywords: Functional high-throughput screening, MicroRNA, Prostate cancer, Reverse-phase protein array

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич

Комментарии

Журнал "Европейская Урология"
Выпуски