Вариации числа копий (ВЧК) являются потенциальным фактором, способствующим многим генетическим заболеваниям. Мы исследовали потенциальную ассоциацию ВЧК с несиндромальным крипторхизмом, наиболее распространенной мужской врожденной аномалией урогенитального тракта у белой популяции мужчин. 

Методы

Полногеномное генотипирование было выполнено в 559 случаях и 1772 случаев контроля (группа 1) с использованием платформ Illumina HumanHap550 v1, HumanHap550 v3 или Human610-Quad и в 353 случаях и 1149 случаях контроля (группа 2) с использованием 12В1 Illumina Human OmniExpress или Human OmniExpress 12v1-1. Данные по интенсивности сигнала, включающие логарифмическое отношение R (LRR) и частоту аллеля B (BAF) для каждого одиночного нуклеотидного полиморфизма (ОНП), были использованы для обнаружения ВЧК с использованием программного обеспечения PennCNV. 

После того, как контрольный образец качества и ВЧК-ассоциированные  гены были выявлены с использованием данных из группы 1 (493 случая крипторхизма и 1586 контроля) и 2 -й группы (307 случаев  крипторхизма и 1102 контроля) с помощью программного обеспечения ParseCNV. Мета-анализ проводился с использованием генно-обусловленных тестов  для выявления сигнальных генов и ВЧК. Для обнаруженных ВЧК был выполнен контроль качества и визуализация интенсивности для проверки с использованием анализов TaqMan Cnv и QuantStudio® 3D цифровой системы ПЦР.

Результаты

Мета-анализ выявил 373 значимых генома (р <5X10 -4) генов/локусов в том числе 49 генов/локусов с делециями и 324 дупликациями. Среди них 17 генов с делецией и 1 ген с дупликацией были выявлены в результатах ВЧК на основе объединения обеих групп (1 и 2). Только 2 гена (NUCB2 и UPF2), содержащих делеции прошли контроль качества ВЧК в обеих группах и экспертизу интенсивности сигнала визуализации, но лабораторно не удалось проверить эти делеции.

Выводы

Наши данные не подтверждают, что структурные вариации генов являются одной из основных причин несиндромального крипторхизма.