This must be hidden
При поддержке препарата АФАЛАЗА

Генетические альтерации при молекулярных подтипах рака мочевого пузыря: демонстрация на наборе данных Атласа ракового генома

25.02.2018
46
0

Контекст

Последние исследования с профилированием экспрессии мРНК целого генома показали, что рак мочевого пузыря можно группировать по молекулярным подтипам, некоторые из которых имеют общие клинические свойства и паттерны экспрессии генов с внутренними подтипами рака молочной железы и молекулярными подтипами других солидных опухолей. Молекулярные подтипы других солидных опухолей обогащены специфическими мутациями и аберрациями количества копий, которые, как считается, лежат в основе их характерных паттернов прогрессии, биологических и клинических свойств.

Цель

Доступность цельных геномных данных из Атласа ракового генома (The Cancer Genome Atlas, TCGA) и других крупных проектов сделала возможным определение корреляции между наличием альтераций ДНК и принадлежностью опухоли к определённому молекулярному подтипу. Нашей общей целью было определение того, обогащены ли конкретные мутации ДНК и/или вариации количества копий при конкретных молекулярных подтипах.

Доказательная база

Мы использовали полный набор данных RNA-seq из TCGA и три разных опубликованных классификатора, разработанных нашими группами для определения молекулярных подтипов рака мочевого пузыря из TCGA, и изучили встречаемость самых частых альтераций ДНК внутри них. Мы интерпретировали результаты, основываясь на том, что известно о встречаемости этих альтераций при мышечно-неинвазивном и мышечно-инвазивном раке мочевого пузыря из опубликованной литературы.

Синтез материала

Результаты подтвердили, что альтерации RB1 и NFE2L2 обогащены при базальном раке, тогда как альтерации FGFR3 и KDM6A обогащены при люминальном раке.

Заключение

Эти результаты дополнительно подтверждают заключение о том, что молекулярные подтипы рака мочевого пузыря являются разными формами заболевания, характеризующимися специфичными генетическими альтерациями.

Ключевые слова: молекулярные подтипы, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, альтерации ДНК.

Genetic Alterations in the Molecular Subtypes of Bladder Cancer: Illustration in the Cancer Genome Atlas Dataset

By: Woonyoung Choi, Andrea Ochoa, David J. McConkey, Mattias Aine, Mattias Höglund, William Y. Kim, Francisco X. Real, Anne E. Kiltie, Ian Milsom, Lars Dyrskjøt, Seth P. Lerner

  • a Department of Urology, U.T. M.D. Anderson Cancer Center, Houston, Texas, USA;
  • b Department of Cancer Biology, U.T. M.D. Anderson Cancer Center, Houston, Texas, USA;
  • c Division of Oncology and Pathology, Department of Clinical Sciences, Faculty of Medicine, Lund University, Lund, Sweden;
  • d University of North Carolina, Chapel Hill, North Carolina, USA;
  • e Epithelial Carcinogenesis Group, Spanish National Cancer Research Centre-CNIO, Madrid, Spain;
  • f Departament de Cie`ncies Experimentalsi de la Salut, Universitat Pompeu Fabra, Barcelona, Spain;
  • g Department of Oncology, University of Oxford, Oxford, UK;
  • h Institute of Clinical Sciences, Sahlgrenska Academy at Gothenburg University, Gothenburg, Sweden;
  • i Department of Molecular Medicine, Aarhus University Hospital, Aarhus, Denmark;
  •  j TCGA Analysis Working Group, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, USA

European Urology, Volume 72 Issue 3, September 2017, Pages 354–365

Keywords: Molecular subtypes, Muscle-invasive bladder cancer, DNA alterations

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич

Тематики и теги

Комментарии

European Urology (Европейская урология) 2017 Сентябрь
European Urology (Европейская урология) 2017 Сентябрь
Выпуски