Актуальность

Папиллярный почечноклеточный рак (ППКР) является редким подвидом ПКР. Данные Атласа ракового генома (TCGA) в основном отражают локализованное заболевание, в то врем как для распространённого ППКР данных мало.

Цель исследования

Охарактеризовать частоту геномных альтераций (ГА) у пациентов с распространённым ППКР, у которых в контексте рутинной клинической практики выполнялось всестороннее геномное профилирование (ВГП).

Дизайн, условия и участники исследования

Фиксированная в формалине парафинированная ткань была получена у сплошной выборки из 169 пациентов с подтверждённым ППКР. Была получена ДНК и выполнено всестороннее геномное профилирование в сертифицированной центральной лаборатории.

Определение результатов

Библиотеки гибридного захвата, основанные на лигировании адапторов, включающие до 315 генов были секвенированы с медианой покрытия 648×. Были идентифицированы все случаи ГА, включая замещения, инсерции / делеции, альтерации количества копий и перестановки.

Результаты и ограничения

От 169 пациентов была получена либо ткань первичной опухоли (102 пациента, 60%), либо метастатическая ткань (67 пациентов, 40%). У пациентов с ППКР 1 типа частыми изменёнными генами были MET (33%; 8 активирующих мутаций, 5 амплификаций с > 6 копий), TERT (30%), CDKN2A/B (13%) и EGFR (8%). У пациентов с ППКР 2 типа частыми изменёнными генами были CDKN2A/B (18%), TERT (18%), NF2 (13%) и FH (13%); ГА MET (5 мутаций, 3 амплификации) наблюдались в 7% случаев при типе 2. Заметные различия от данных TCGA включают более высокую частоту ГА MET, NF2 и CDKN2A/B, ассоциацию альтераций комплексных генов SWI/SNF с ППКР 2 типа и наблюдаемые частые альтерации CDKN2A/B при заболевании как 1 типа, так и 2 типа.

Заключение

Как данное исследование, так и опыт TCGA представляют собой когорты пациентов с ППКР сопоставимого размера. Ключевые различия по частоте ГА вероятно подчёркивают выраженную разницу по распределению стадий между этими наборами данных. Эти результаты могут информировать запланированные исследования в области прецизионной медицины по метастатическому ППКР.

Ключевые слова: геномное профилирование, мутационное бремя, папиллярный почечноклеточный рак.

Characterization of Clinical Cases of Advanced Papillary Renal Cell Carcinoma via Comprehensive Genomic Profiling

By: Sumanta K. Pal, Siraj M. Ali, Evgeny Yakirevich, Daniel M. Geynisman, Jose A. Karam, Julia A. Elvin, Garrett M. Frampton, Xuan Huang, Douglas I. Lin, Mark Rosenzweig, Doron Lipson, Philip J. Stephens, Jeffrey S. Ross, Vincent A. Miller, Neeraj Agarwal, Brian Shuch, Toni K. Choueiri, Jon H. Chung

• a Department of Medical Oncology & Experimental Therapeutics, City of Hope Comprehensive Cancer Center, Duarte, CA, USA;
• b Foundation Medicine, Cambridge, MA, USA;
• c Department of Pathology, Rhode Island Hospital and Alpert Medical School of Brown University, Providence, RI, USA;
• d Department of Hematology/Oncology, Fox Chase Cancer Center, Philadelphia, PA, USA;
• e Department of Urology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA;
• f Division of Hematology and Oncology, University Hospitals Case Medical Center & Case Western Reserve University, Cleveland, OH, USA;
• g Department of Pathology, Beth Israel Deaconess Medical Center, Chelsea, MA, USA;
• h Department of Pathology and Laboratory Medicine, Albany Medical College, Albany, NY, USA;
• i Division of Medical Oncology, Department of Internal Medicine, University of Utah Huntsman Cancer Institute, Salt Lake City, UT, USA;
• j Division of Urology, Yale Cancer Institute, New Haven, CT, USA;
• k Division of Medical Oncology, Dana Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA

European Urology, Volume 73 Issue 1, January 2018, Pages 71–78

Keywords: Genomic profiling, Mutational burden, Papillary renal cell carcinoma

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич