Актуальность
Герминогенные опухоли яичка являются самой частой разновидностью рака, диагностируемой у молодых мужчин, а семиномы являются самым частым типом этих злокачественных опухолей. Не проводилось полного экзомного исследования на предмет генов, мутированных при семиномах, или на предмет общей частоты немолчащих соматических мутаций в этих опухолях.
Цель исследования
Целью исследования было проанализировать соматические мутации в семиномах, чтобы определить, какие затронуты гены, и выяснить частоту немолчащих мутаций.
Дизайн, условия и участники исследования
Восемь семином и соответствующих нормальных образцов ткани были получены хирургическим путём у восьми пациентов.
Проведённые вмешательства
Из образцов ткани была получена ДНК, массивное параллельное секвенирование экзома проводилось на ДНК-секвенаторах Illumina. Выполнялся также чиповый анализ количества копий на предмет мононуклеотидного полиморфизма для оценки альтераций количества копий.
Определение результатов и статистический анализ
Данные ДНК-секвенирования были проанализированы для выявления соматических мутаций, включая мононуклеотидные замещения, короткие вставки и делеции. Обнаруженные мутации были валидизированы при независимом секвенировании и в дальнейшем проверены на субклональность.
Результаты и ограничения
Частота несинонимичных соматических мутаций составила в среднем 0.31 мутаций на Mb. Мы обнаружили немолчащие соматические мутации в 96 генах, которые ранее не были известны как мутантные при семиномах, и некоторые из них могут быть драйверными мутациями. Множество мутаций, видимо, имелось в субклональных популяциях. Кроме того, два гена, KIT и KRAS, были задействованы каждый в двух опухолях вместе с мутациями, которые ранее отмечались в других видах рака и являются, предположительно, онкогенными.
Заключение
Наше исследование, будучи первым сообщением об экзомном секвенировании семином, выявило соматические мутации в 96 новых генах, некоторые из которых могут быть потенциальными мишенями-драйверами. Более того, наши результаты демонстрируют, что частота мутаций в семиномах в пять раз превышает предыдущие оценки, но, тем не менее, остаётся низкой по сравнению с другими распространёнными видами рака. Схожая низкая частота мутаций наблюдается и в других раковых опухолях, которые также имеют отличные показатели ремиссии, достигаемые с помощью химиотерапии.
Ключевые слова: количество копий, экзомное секвенирование, герминогенные опухоли, KIT, KRAS, соматическая мутация, рак яичка.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated Genes in Seminomas
By: Ioana Cutcutache a b , Yuka Suzuki a b , Iain Beehuat Tan c d , Subhashini Ramgopal a b , Shenli Zhang b , Kalpana Ramnarayanan b , Anna Gan b e , Heng Hong Lee b e , Su Ting Tay b , Aikseng Ooi f , Choon Kiat Ong e , Jonathan T. Bolthouse g , Brian R. Lane g , John G. Anema g , Richard J. Kahnoski g , Patrick Tan b d h, Bin Tean Teh b e h and Steven G. Rozen a b
European Urology, Volume 68 Issue 1, July 2015, Pages 77-83
Keywords: Copy number, Exome sequencing, Germ cell tumor, , Somatic mutation, Testicular cancer
Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич
Комментарии