Актуальность
Уротелиальный рак верхних мочевыводящих путей (УРВМП) может иметь уникальные этиологические и геномные факторы по сравнению с раком мочевого пузыря.
Цель исследования
Охарактеризовать геномный профиль УРВМП и внести ясность в его биологию с использованием всестороннего интегрированного геномного анализа.
Дизайн, условия и участники исследования
Мы собрали 31 необработанный моментально замороженный образец УРВМП из двух центров и выполнили секвенирование целого экзома (WES) ДНК, секвенирование РНК (RNAseq) и белковый анализ.
Определение результатов и статистический анализ
Учитывая влияние лабораторных условий, выявление консенсусных мутаций в независимых каскадах идентифицировало мутации ДНК, кластеры экспрессии генов с использованием бесконтрольного консенсусного иерархического кластеринга (UCHC), и уровни экспрессии белка коррелировались с релевантными клиническими переменными, Атласом ракового генома и другими опубликованными данными.
Результаты и ограничения
WES идентифицировало мутации в FGFR3 (74.1%; 92% низкой градации, 60% высокой градации), KMT2D (44.4%), PIK3CA (25.9%) и TP53 (22.2%). APOBEC и CpG были самыми частыми мутационными сигнатурами. UCHC данных RNAseq разделил образцы на четыре молекулярных подтипа со следующими характеристиками. Кластер 1: нет мутаций PIK3CA, не курят, опухоли высокой градации <pT2, частые рецидивы. Кластер 2: 100% мутаций FGFR3, опухоли низкой градации, употребление табака, неинвазивное заболевание, нет рецидивов в мочевом пузыре. Кластер 3: 100% мутаций FGFR3, 71% PIK3CA, нет мутаций TP53, пять рецидивов в мочевом пузыре, употребление табака, все опухоли <pT2. Кластер 4: мутации KMT2D (62.5%), FGFR3 (50%), TP53 (50%), нет мутаций PIK3CA, заболевание высокой градации pT2+, употребление табака, carcinoma in situ, более короткая выживаемость. Мы идентифицировали новое слияние SH3KBP1-CNTNAP5.
Заключение
Мутации при УРВМП встречаются с частотой, отличающейся от таковой при раке мочевого пузыря, с четырьмя уникальными молекулярными и клиническими подтипами. Обнаруженное нами слияние SH3KBP1 регулирует передачу сигнала RTK. Дальнейшие исследования нужны для валидации описанных подтипов, изучения их ответов на терапию и лучшего описания нового слияния мутаций.
Ключевые слова: уротелиальный рак верхних мочевыводящих путей, геномика, рак мочеточника, рак почечной лоханки.
Comprehensive Genomic Characterization of Upper Tract Urothelial Carcinoma
By: Tyler J. Moss, Yuan Qi, Liu Xi, Bo Peng, Tae-Beom Kim, Nader E. Ezzedine, Maribel E. Mosqueda, Charles C. Guo, Bogdan A. Czerniak, Michael Ittmann, David A. Wheeler, Seth P. Lerner, Surena F. Matin
European Urology, Volume 72 Issue 4, October 2017, Pages 641–649
Keywords: Upper tract urothelial carcinoma, Genomics, Ureteral cancer, Renal pelvic cancer
Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич
Комментарии