РНК-секвенирование нового поколения в архивном, фиксированном формалином и парафинизированном уротелиальном раке мочевого пузыря

14.06.2015

2230

Резюме

Молекулярное профилирование индивидуальных раковых опухолей является ключом к персонализированной медицине. Тогда как технологии секвенирования требовали соблюдения строгих правил сбора образцов и обращения с ними, новые технические достижения позволяют производить секвенирование в тканях, полученных при рутинной практике, и тканях, уже хранящихся в архивах. В этой статье мы установили методы цельно-транскриптомного РНК-секвенирования (РНК-сек) в фиксированных формалином и парафинизированных тканях. Мы получили средние показания РНА-сек в объёме более 100 миллионов на образец с использованием платформы Illumina HiSeq2000. Мы обнаружили высокую конкордантность с результатами от соответствующих свежезамороженных образцов (индекс корреляции Спирмэна более 0.8). Для валидации мы сравнили транскриптомы высоко- и низкодифференцированного рака мочевого пузыря в 49 образцах опухолевой ткани после трансуретральной резекции опухолей мочевого пузыря. Мы обнаружили 947 различно экспрессированных протеин-кодирующих генов. Тогда как низкодифференцированные опухоли демонстрировали чёткую внутриопухолевую транскриптомную гетерогенность, транскриптом высокодифференцированных опухолей был гомогенным.

Ключевые слова: новообразования мочевого пузыря, дифференцировка, фиксированный формалином и парафинизированный, транскриптом, РНК-секвенирование, персонализированная медицина, протеин-протеиновое взаимодействие.

Next-generation RNA Sequencing of Archival Formalin-fixed Paraffin-embedded Urothelial Bladder Cancer

By: Yu Liu a b , Aidan P. Noon c , Eduardo Aguiar Cabeza a , Jess Shen a , Cynthia Kuk c , Christine Ilczynski d , Ruoyu Ni d , Balram Sukhu d , Kin Chan a , Nuno L. Barbosa-Morais e f , Thomas Hermanns c , Benjamin J. Blencowe b e , Azar Azad d , Theodorus H. van der Kwast g , James W.F. Catto h , Alexandre R. Zlotta c and Jeffrey L. Wrana a b

a The Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Mount Sinai Hospital, Toronto, Ontario, Canada
b Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada
c Department of Surgery, Division of Urology, University of Toronto, Mount Sinai Hospital and University Health Network, Toronto, Ontario, Canada
d Pathology and Laboratory Medicine, Mount Sinai Hospital, Toronto, Ontario, Canada
e Banting and Best Department of Medical Research, Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada
f Instituto de Medicina Molecular, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal
g Department of Pathology, Toronto General Hospital, University Health Network, Toronto, Ontario, Canada
h The Academic Urology Unit and Academic Unit of Molecular Oncology, University of Sheffield, Sheffield, UK

European Urology, Volume 66 Issue 6, December 2014, Pages 982-986

Keywords: Urinary bladder neoplasms, Grade, Formalin-fixed paraffin-embedded, Transcriptome, RNA sequencing, Personalised medicine, Protein–protein interaction

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич

Журнал

European Urology (Европейская урология) 2014 декабрь;

РНК-секвенирование нового поколения в архивном, фиксированном формалином и парафинизированном уротелиальном раке мочевого пузыря

Журнал

Комментарии