Актуальность

Локализованный рак простаты является клинически гетерогенным, несмотря на наличие клинических групп риска, отражающих относительную специфическую смертность от рака простаты. Мы ранее описали ДНК-классификатор из 100 локусов, способный субстратифицировать пациентов по риску биохимического рецидива внутри клинических групп риска.

Цель исследования

Геномный классификатор из 100 локусов был усовершенствован с включением только 31 функционального локуса и проверен в сочетании со стандартными клиническими переменными на предмет способности прогнозировать биохимический рецидив (БХР) и метастазирование.

Дизайн, условия и участники исследования

Были обобщены данные из четырёх ретроспективных когорт с образцами материала, полученного при радикальной простатэктомии от пациентов с локализованным заболеванием, и дополнительной когорты из 102 пациентов, использованной для оценки геномного классификатора из 31 локуса с помощью платформы NanoString.

Определение результатов и статистический анализ

Показатели геномного классификатора были проверены на предмет способности прогнозировать БХР (n = 563) и метастазирование (n = 154) и сравнены со схемами стратификации клинического риска.

Результаты и ограничения

Геномный классификатор из 31 локуса по эффективности был сопоставим с классификатором из 100 локусов. Он выявлял пациентов с повышенной вероятностью БХР (отношение рисков = 2.73, p < 0.001) и пациентов, у которых в конце концов развивались метастазы (отношение рисков = 7.79, p < 0.001). Комбинация геномного классификатора со стандартными клиническими переменными более эффективна, чем клинические модели. Наконец, геномный классификатор из 31 локуса был реализован с помощью системы NanoString. Исследование ограничено ретроспективными когортами.

Заключение

Геномные классификаторы из 100 локусов и 31 локуса надёжно идентифицируют когорту мужчин с локализованным заболеванием, у которых повышен риск рецидива. Система NanoString будет полезна для отбора пациентов для эскалации или деэскалации лечения в проспективных клинических исследованиях на основе клинико-геномных оценок по биопсийному материалу до начала лечения.

Ключевые слова: геномный классификатор, геномная сигнатура, прогноз, локализованный рак простаты, прецизионная медицина, изменение количества копий, CNA, CNV.

Translating a Prognostic DNA Genomic Classifier into the Clinic: Retrospective Validation in 563 Localized Prostate Tumors

By: Emilie Lalonde, Rached Alkallas, Melvin Lee Kiang Chua, Michael Fraser, Syed Haider, Alice Meng, Junyan Zheng, Cindy Q. Yao, Valerie Picard, Michele Orain, Helène Hovington, Jure Murgic, Alejandro Berlin, Louis Lacombe, Alain Bergeron, Yves Fradet, Bernard Têtu, Johan Lindberg, Lars Egevad, Henrik Grönberg, Helen Ross-Adams, Alastair D. Lamb, Silvia Halim, Mark J. Dunning, David E. Neal, Melania Pintilie, Theodorus van der Kwast, Robert G. Bristow, Paul C. Boutros

• a Informatics and Biocomputing Program, Ontario Institute for Cancer Research, Toronto, ON, Canada;
• b Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Toronto, ON, Canada;
• c Radiation Medicine Program, Princess Margaret Cancer Center, Toronto, ON, Canada;
• d Princess Margaret Cancer Center, University Health Network, Toronto, ON, Canada;
• e Department of Biostatistics, Princess Margaret Cancer Center, University Health Network, Toronto, ON, Canada;
• f Centre de recherche du CHU de Que´bec-Universite´ Laval, Que´bec City, QC, Canada;
• g Department of Medical Epidemiology and Biostatistics, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden;
• h Department of Oncology and Pathology, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden;
• i Cancer Research UK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK;
• j Department of Urology, Addenbrooke’s Hospital, Cambridge, UK;
• k Academic Urology Group, University of Cambridge, Cambridge, UK;
• l Department of Pathology and Laboratory Medicine, Toronto General Hospital/University Health Network, Toronto, ON, Canada;
• m Department of Pharmacology and Toxicology, University of Toronto, Toronto, ON, Canada

European Urology, Volume 72 Issue 1, July 2017, Pages 22–31

Keywords: Genomic classifier, Genomic signature, Prognosis, Localized prostate cancer, Precision medicine, Copy number alteration, CNA, CNV

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич